1634-35 yılında Amasya'nın Merzifon ilçesinin Marınca bugünkü adıyla Karamustafapaşa
köyünde doğdu. Babası ise Oruç Bey adında bir tımarlı sipahidir. IV. Murad'ın Bağdat kuşatmasında babası şehit düşmüştür.
Amasya sancak beyi olan Köprülü Mehmed Bey’in paşa himayesinde,
babasının dostları arasında iyi bir medrese eğitimi alarak yetişti. Diğer bir rivayete göre ise Derviş adında bir sipahinin oğlu olarak 1036 yılında 1626-27 doğdu. On sekiz yaşına geldiğinde Köprülü’nün korumasına girdi ve onun Şam mütesellimliği döneminde
Trablusşam mütesellimi olarak görev yaptı.
Kara Mustafa Paşa’nın sadrazamlık dönemi, Osmanlı tarihinin kritik bir aşaması olan Viyana Kuşatması ile damgasını vurmuştur. Köprülü ailesinin yönetiminden devraldığı ülkede, hem iç hem de dış meseleleri çözme niyeti vardı. Sadrazamlık görevini sürdürebilmek için, selefleri kadar etkili başarılar elde etmesi gerektiğini düşünüyordu. Hedefi, Vasvár Antlaşması’nın süresi dolmadan Osmanlı’nın gücünü Avrupa içlerine taşımak ve Habsburg İmparatorluğu’nu ortadan kaldırmaktı.
Dimitrie Cantemir, Kara Mustafa Paşa’nın Alman imparatoru olma veya Sultan Mehmed’i devirme niyetinde olduğuna dair iddiaların temelsiz olduğunu ifade etmektedir. Seferin görünürdeki sebebi, Avusturya İmparatoru’nun Protestan Macarlar’a uyguladığı baskı ve bunun sonucunda Osmanlı’ya başvurmalarıydı. Önceki sadrazam Fâzıl Ahmed Paşa döneminde, Protestan Macar lideri Imre Thököly, Osmanlı himayesini talep etmiş, fakat Vasvár Antlaşması’nı ihlal etmekten kaçınmıştı. Kara Mustafa Paşa göreve gelir gelmez Thököly’i Orta Macar kralı ilan etti, bu da Macar prensi için cesaret kaynağı oldu ve Avusturya sınırlarında hareket etmeye başladı. Avusturya’nın şikayetleri ise vezir tarafından padişahtan gizlenmekteydi.
Bir diğer rivayete göre, Thököly, gönderdiği Macar altınlarıyla Kara Mustafa Paşa’nın desteğini kazanmış ve bazı kaleleri ele geçirmişti. İmparator I. Leopold, bu kaleleri geri almak isteyince iki devlet arasında bir gerilim yaşandı. Ancak imparator, Edirne’ye gönderdiği elçi aracılığıyla Vasvár Antlaşması’nın yenilenmesini talep etti. IV. Mehmed de barıştan yanaydı. Uzun süredir Avusturya ile savaşan Fransa, Osmanlı’nın barış çabalarını engellemeye yönelik faaliyetlerde bulunuyordu. Merzifonlu, Kapıkulu desteğiyle Sen Gotar yenilgisini telafi etme amacını güderek barışı sağlamaktan kaçındı. Ayrıca, serhad boylarından Avusturya’nın saldırılarına ilişkin şikayetler gönderdi. Vanî Mehmed Efendi gibi cami vaizleri, kamuoyunu harekete geçirerek padişahı ikna etmeye çalıştılar. Avusturya elçisi, şeyhülislâmdan "Aman dileyene savaş açılmaz" fetvası almasına rağmen bu durum pek etkili olmadı.
